Mycologie
Au cours des dernières années, l’incidence des infections fongiques a considérablement augmenté, en particulier chez les patients immunodéprimés. De nombreuses études ont démontré que l’initiation rapide d’une thérapie antifongique appropriée est cruciale pour réduire la mortalité.
Nous réalisons l’identification par séquençage moléculaire des cibles spécifiques pour les espèces cryptiques des genres Aspergillus, Fusarium et Scedosporium, ces moisissures étant de plus en plus fréquemment impliquées dans les infections fongiques invasives. La susceptibilité aux antifongiques varie selon le genre et l’espèce de l’agent fongique. La taxonomie fongique est en pleine évolution, les méthodes d’identification doivent gagner en rapidité et en précision.

La spectrométrie de masse prend un essor considérable dans le domaine du diagnostic des infections fongiques. Le développement au laboratoire de nouvelles bases de données pour l’identification rapide et précise des dermatophytes, des Mucorales et des espèces des genres Malassezia, Cryptococcus et Trichosporon permet ainsi l’instauration rapide d’un traitement approprié et de mieux connaître l’épidémiologie locale. Notre laboratoire est également un centre d’expertise pour des réactifs de laboratoire, en collaboration avec de divers partenaires industriels.
Les candidémies sont la 3ème cause de septicémie dans les services de réanimation et de soins intensifs. Candida albicans est l’espèce la plus fréquemment isolée suivie par C. glabrata, C. tropicalis, C. krusei et C. parapsilosis. L’incidence des candidémies à C. albicans a diminué au fil des années, passant de 80% dans les années 1990 à 50% actuellement. Cette diminution s’est réalisée au profit des autres espèces de Candida, notamment de C. glabrata, qui est la 2ème espèce la plus isolée en France (17%). Son incidence reste variable en fonction des régions et est la plus élevée aux Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS) où elle est isolée dans 20% des candidémies (données RESSIF).
La particularité de C. glabrata est sa capacité à échapper au système immunitaire et à persister dans l’organisme. Le profil de sécrétion des cytokines lors d’infections à C. glabrata semble être un facteur clé de la persistance intra-macrophagique de cette levure. Notre équipe de recherche fondamentale en mycologie s’intéresse à ces intéractions hôte pathogène d’un point de vue immunitaire en travaillant notamment sur le profil de réponse cytokinique du macrophage lorsqu’il est infecté par C. glabrata et la régulation cytokinique par cette levure, ce qui permettra une meilleure connaissance de l’environnement cytokinique induit par C. glabrata lors des candidémies chez l’Homme.